Se me olvidó comentarte que para usar variables de entorno en las demas claves, debes usar claves expandidas, así que el valor de "icon" lo tienes que dejar así:
"icon"=hex(2):25,00,50,00,72,00,6f,00,67,00,72,00,61,00,6d,00,66,00,69,00,6c,\
00,65,00,73,00,25,00,5c,00,4e,00,6f,00,74,00,65,00,70,00,61,00,64,00,2b,00,\
2b,00,5c,00,4e,00,6f,00,74,00,65,00,70,00,61,00,64,00,2b,00,2b,00,2e,00,65,\
00,78,00,65,00,00,00
Eso equivale a: "icon"="%Programfiles%\Notepad++\Notepad++.exe"
Por lo demás, A mi si que me funciona (Y sin reiniciar). Pero bueno yo dejé Windows XP atrás hace muchos años... Así que quizás me equivoque y si que tnegas que reiniciar en tu equipo xD.
PD: Asegúrate de guardar el archivo.reg en codificación Unicode, Por si acaso.
Windows Registry Editor Version 5.00
; Esta clave es para que la opción se muestre en el menú contextual del fondo del escritorio.
;
[HKEY_CLASSES_ROOT\DesktopBackground\Shell\Nuevo Notepad++ Documento]
"icon"=hex(2):25,00,50,00,72,00,6f,00,67,00,72,00,61,00,6d,00,66,00,69,00,6c,\
00,65,00,73,00,25,00,5c,00,4e,00,6f,00,74,00,65,00,70,00,61,00,64,00,2b,00,\
2b,00,5c,00,4e,00,6f,00,74,00,65,00,70,00,61,00,64,00,2b,00,2b,00,2e,00,65,\
00,78,00,65,00,00,00
"position"="middle"
[HKEY_CLASSES_ROOT\DesktopBackground\Shell\Nuevo Notepad++ Documento\command]
@="CMD /C FSUTIL file createnew \"Documento de texto.txt\" 0 & Exit\""
; Esta clave es para que la opción se muestre en el menú contextual del fondo del directorio.
;
[HKEY_CLASSES_ROOT\Directory\Background\shell\Nuevo Notepad++ Documento]
"icon"=hex(2):25,00,50,00,72,00,6f,00,67,00,72,00,61,00,6d,00,66,00,69,00,6c,\
00,65,00,73,00,25,00,5c,00,4e,00,6f,00,74,00,65,00,70,00,61,00,64,00,2b,00,\
2b,00,5c,00,4e,00,6f,00,74,00,65,00,70,00,61,00,64,00,2b,00,2b,00,2e,00,65,\
00,78,00,65,00,00,00
"position"="middle"
[HKEY_CLASSES_ROOT\Directory\Background\shell\Nuevo Notepad++ Documento\command]
@="CMD /C FSUTIL file createnew \"Documento de texto.txt\" 0 & Exit\""
; Estas claves son para que una vez creado el nuevo archivo, Se abra automáticamente con Notepad++.
;
;Escritorio:
;[HKEY_CLASSES_ROOT\DesktopBackground\Shell\Nuevo Notepad++ Documento\command]
;@="CMD /C FSUTIL file createnew \"Documento de texto.txt\" 0 & Start /B %%Programfiles%%\Notepad++\Notepad++.exe\" \"Documento de texto.txt\""
;
;Directorio:
;[HKEY_CLASSES_ROOT\Directory\Background\shell\Nuevo Notepad++ Documento\command]
;@="CMD /C FSUTIL file createnew \"Documento de texto.txt\" 0 & Start /B %%Programfiles%%\Notepad++\Notepad++.exe\" \"Documento de texto.txt\""
saludos