No hace falta que se genere tal crispación, sobre lo que se puede borrar y lo que no, como regla básica borrar no se puede borrar nada, eso sí, hay programas que te crean llaves y valores en el registro que se deben borrar por diferentes motivos: ejecutan malware, cambian directivas, introducen porqueria...

A lo que quiero ir, no se deben modificar o eliminar claves en el registro a no ser que sepas lo que haces ya que el registro es la configuración del sistema operativo y muchas de sus funcionalidades.

Lo que si que podrías hacer, es aprender las rutas de claves/valores mas importántes y mirar por ejemplo que programas se ejecutan con windows y eliminar las claves de los que no te interesen.

Quizá te interese leerte el post-it que hay en este mismo subforo de seguridad donde hay un taller de detección y eliminación de malware, allí se explica la interacción de los virus,troyanos...con el registro de windows de una forma muy básica y te puede servir para emezar.