Tienes toda la razón ya que para empezar muchas cosas de las que hace ese script se pueden automatizar mediante los metapaquetes oficiales de Ubuntu (vease ubuntu-restricted-extras por ejemplo).

Date cuanta que cuanto mas código tenga más difícil te sera mantenerlo, depurarlo y/o adaptarlo a nuevas versiones de Ubuntu....

P.D. Muevo el tema al foro de Scripting

Ya he arreglado el error que tenia de que no podia ejecutar el programa, bueno ahora esque hay una opcion que no me ejecuta, es cuando lo selecciono el programa me empieza de nuevo sin ejecutar esa opcion, entonces no se como hacerlo le estuve dando vueltas pero nada, esta es la parte de esa opcion

if [[ $opcs = "Actualizar,Limpiar" ]]
then
	upd=`zenity --title="Actualizar" --text="Has seleccionado Actualizar, Limpiar\n. Hay dos tipos de actualizaciones una normal y 	otro mas sostificado.\n Si acabas de instalar mejor haz una sostificada. \n Al contrario si lo tenias instalado haz una normal.\n O si deseas limpiar los paquetes innecesarios de tu sistema."  \
	   	    --list --column="Select" --column="Opciones" \
	            --checklist FALSE "Actualizacion normal" FALSE "Actualizacion sostificada" FALSE "Limpiar Ubuntu"`	
			if [ $? -eq 0 ]
			then
				for updopc in $upd
				do
					if [ $updopc = "Actualizacion normal" ]
					then
						zenity --info --title="INFO" --text="Este proceso lo mas seguro que no tarde mucho.\n Espere a que salga la ventana de informacion"
						sudo aptitude update && sudo apt-get update
						sleep 2
						zenity --info --title="INFO" --text="Ya se ha actualizado su sistema"
						clear
					elif [ $updopc = "Actualizacion sostificada" ]
					then
						echo ""
						zenity --info --title="INFO" --text="Este proceso puede que tarde mucho, espere a que te salga la ventana\n de informacion"
						sudo aptitude update && sudo apt-get update
						sudo aptitude upgrade && sudo apt-get upgrade
						zenity --info --title="INFO" --text="Ya se ha actualiza tu sistema"
						sleep 2
						clear
					fi
					if [ $updopc = "Limpiar Ubuntu" ]
					then
						zenity --info --title="Limpieza.." --text="Ahora empezara la limpieza de Ubuntu"
    						sudo apt-get autoremove && sudo apt-get autoclean && sudo apt-get clean
    						OLDCONF=$(dpkg -l|grep "^rc"|awk '{print $2}')
    						CURKERNEL=$(uname -r|sed 's/-*[a-z]//g'|sed 's/-386//g')
    						LINUXPKG="linux-(image|headers|ubuntu-modules|restricted-modules)"
    						METALINUXPKG="linux-(image|headers|restricted-modules)-(generic|i386|server|common|rt|xen)"
    						OLDKERNELS=$(dpkg -l|awk '{print $2}'|grep -E $LINUXPKG |grep -vE $METALINUXPKG|grep -v $CURKERNEL)
    						YELLOW="\033[1;33m"
    						RED="\033[0;31m"
    						ENDCOLOR="\033[0m"
    						zenity --info --title="Limpiando" --text="$YELLOW""Cleaning apt cache...""$ENDCOLOR"
    						sudo aptitude clean
    						zenity --info --title="Limpiando" --text="$YELLOW""Removing old config files...""$ENDCOLOR"
    						sudo aptitude purge $OLDCONF
    						zenity --info --title="Limpiando" --text="$YELLOW""Removing old kernels...""$ENDCOLOR"
    						sudo aptitude purge $OLDKERNELS
    						zenity --info --title="Limpiando" --text="$YELLOW""Emptying every trashes...""$ENDCOLOR"
    						rm -rf /home/*/.local/share/Trash/*/** &> /dev/null
    						rm -rf /root/.local/share/Trash/*/** &> /dev/null
    						clear
    						mop=`zenity --title="P.A.U" --text="¿Tenia usted instalado mozilla-thunderbird?" \
						--list --column="Select" --column="Opcion" \
						--checklist FALSE "SI" FALSE "NO"`
							if [ $? -eq 0 ]
							then
								for mopc in $mop
								do
 
        								if [ "$mopc" = "SI" ]
            								then
	   			 						zenity --info --title="Empezara..." --text="ya empezara a instalarse"
           			 						sudo aptitude install  mozilla-thunderbird thunderbird-locale-es-es
	   			 						clear
	   			 						zenity --info --title="Ya se ha instalado" --text="Ya ha instalado el Mozilla Thunderbird"
	    								fi
									if [ $mopc = "NO" ]
									then
										zenity --info --text="Ahora iras al menu principal"
										fi
								done
							fi
					fi
			done
		fi
fi