No sabría que decirte, ¿dejándolo en utf el script de  sed funciona bien?
Si es así el problema viene cuando le pasas el conversor. También puede ser que como recuerdo los acentos pertenecen al ansi extendido (igual me equivoco) y a lo mejor tu conversor está convirtiendo a un ansi normal de 127 caracteres.

Es suficiente con obtener la representación correcta.

Para la é de Miércoles:

Para la á de Sábado:

Para futuras necesidades:
-> iconv

Saludos

Hola chicos, perdonar por el doble post.
He conseguido solucionar mi problema con las tildes .

He conseguido que me pasaran el archivo de origen con los días de la semana en ingles, y ese idioma al no tener tildes pues no he tenido ningún problema al traducirlo a otro que tampoco las lleva.

Muchísimas gracias a todos por toda vuestra ayuda, que si no llega a ser por vosotros todavía estaría intentando reemplazar una palabra xD

Un saludo!!