Tras tantas pruebas de escribir y reescribir tengo varios códigos creados, copie uno que no crea los directorios, a mi me funcionaba porque ya tengo los directorios en %temp% y no me di cuenta que el que publiqué le faltaban dos lineas.
Ya le he añadido dos lineas y ahora funcionará, discúlpame por hacerte perder tu tiempo.
He borrado las carpetas y comprobado que corre bien, hasta que llega al final y sigue sin cerrar la cmd.