Amigo Novlucker, debo decir que estoy asombrado de ver que ahora sí ha funcionado lo que dices. Por algún motivo, antes me salía mensaje de error. En fin, gracias por el aporte.

Ahora me queda otra duda, aunque esa la daré a conocer abriendo otro tema. No sé cómo asignarle el valor de una variable como valor de una clave.

Supuestamente debes de poner la variable con símbolo de porcentaje doble ... algo del estilo %%WINDIR%% ... pero no funciona .. igual lo expande antes de escribirlo en el registro

 REG ADD HKLM\Software\MyCo /v Path /t REG_EXPAND_SZ /d %%systemroot%%
 Agrega un valor (nombre: Path, tipo: REG_EXPAND_SZ, datos: %systemroot%)
 Nota: use porcentaje doble ( %% ) dentro de la cadena expandida

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[Edito]
Por lo visto hay algún error con el REG.exe que hace que funciona diferente a como debe, ya que como hemos visto en la ayuda que trae incorporada indica que se tiene que utilizar %% para ingresar la variable a expandir, pero eso no funciona

Sin embargo en technet indica como debe de hacerse realmente

REG ADD HKLM\Software\MyCo /v Path /t REG_EXPAND_SZ /d ^%systemroot^%

:http://technet.microsoft.com/en-us/library/cc742162%28WS.10%29.aspx

Hay que escapar los porcentajes con ^, y así si funciona

Saludos