La manera mas simple de "editar" o guadar settings en un stub es dentro del stub tener una constante de tipo string, luego desde el "editor" buscas esa constante y la parchas.
Y para leerlos desde el stub simplemente parseas la constante para sacar los datos.
Eso es un editor de .exe ya que partes de editar un .exe, yo quiero crearlo desde cero sin necesidad de stub