Yo creo que si que he entendido el problema. Supuestamente y al parecer esta persona está descargando manualmente "X" archivos desde el navegador y los almacena en un directorio local, y lo que quiere hacer es que cuando se termine la transferencia de esos archivos, es decir cuando se hayan guardado locálmente se transfieran automáticamente por protocolo FTP a cierto lugar.
Si no sabes programación entonces te hago saber que existen aplicaciones gratuitas y comerciales como por ejemplo
Directory Monitor que sirven para monitorizar cambios de archivos en "X" directorio, puedes definir reglas de todo tipo, activar notificaciones, etc. y también puedes iniciar un script o aplicación con los nuevos archivos detectados.
El programa en cuestión no tiene ningún plugin para enviar archivos por FTP, pero quizás te interesase buscar otro programa que disponga de tal funcionalidad, aunque do todas formas con este programa te serviría igual ya que como he dicho este programa te permite iniciar un script o un programa al detectar archivos, así que bien podrías utilizar aplicaciones commandline como
WPut para enviar los archivos por FTP de forma automatizada...
Si por lo contrario prefieres optar por la via de la programación, entonces en C# o VB.NET te sería muy sencillo de monitorizar un directorio y realizar una transferencia por FTP. Realmente con cosas sencillas de hacer en esos lenguajes.
Saludos!