OJO!

Ehm, pues a mi parecer sería mucho trabajo, no crees?

OmarHack, es una muy buena idea; de hecho es tan buena que ya se ha intentado hacer antes pero sin los resultados esperados. Te explico:

JAVA compila con ese formato universal al que tú te refieres, que es un código de bytes que representa operaciones del procesador y los datos que procesará el mismo. Sin embargo hay un problema al hacer esto y es que lógicamente necesitas de un intérprete de esas órdenes que es la máquina virtual de JAVA.
Microsoft fue un paso más allá con el .NET Framework y su compilador JIT (Just In Time) que compila el "código universal" según el procesador y el sistema operativo de la computadora en cuestión, de esta manera se elimina el intérprete (o parte de él) en tiempo de ejecución.

Ahora dime, ¿vas a hacer una máquina virtual desde cero para cada sistema operativo y procesador que se te ocurra? ¿De verdad tienes tantos conocimientos en programación como para intentar hacer al menos la mitad de este proyecto? ¿Ya te has puesto a pensar en el trabajo de adaptar las APIs entre cada sistema operativo o crearlas desde cero en caso de que alguna no exista?

No quiero decirte que no lo hagas, pero de verdad me parece mucho para tan poco, es decir, para mí realmente basta con recompilar para otro sistema operativo y dar a elegir entre dos o más enlaces de descarga. 

Disculpa, pero hay que ser realistas. Un saludo y suerte si lo piensas hacer. 

Quizás fallaron por plantearse la solución de esa manera pero seguro que hay muchas más.
Imagínate que quieres abrir un exe en Linux.
Tienes varias opciones. Las primera creo que es la que se ha tomado hasta ahora por esas empresas que mencionas.
·Emular Windows


¿Pero que pasa con las miles de opciones restantes que podrían dar resultado?
Se me ocurren unas cuantas pensándolo fríamente en un par de minutos.

·Que el exe se envíe a un servidor Windows y este inspeccionando los cambios que ha realizado el ejecutable en su sistema devuelva un programa compilado para linux que altere Linux de la misma manera. Es decir, un programa con las mismas condiciones y similar al original. (Demasiado complejo para realizarse pero totalmente posible aún que no viable.)

·Que se recojan todas las instrucciones que el programa realice en código máquina y que se cree un ejecutable. (Demasiado complejo)

Y la última y la mas viable que se me ocurre de momento.
·Recrear en Linux el sistema que abre los exes en Windows.

Si se consiguiese hacer esta última simplemente habría que substituir algunos cambios que se realicen en Windows para Linux. Imaginaros el ejemplo de un programa que abra el disco local C: y copie un archivo dentro. Pues solo habría que indicarle al programa que creemos que sin el programa intenta acceder a la ruta C: pues que en Linux se copie el archivo en Raiz o en donde sea, en vez de en C. Llevaría trabajo, cierto. Podemos ser muchísimos en el proyecto, aún más cierto aún. La mayoría de distribuciones Linux han sido creadas por millones de desarrolladores.

¿Por qué no empezar este proyecto nosotros? Si es viable seguro que se unirían muchos desarrolladores profesionales de distribuciones Linux. Al fin y al cabo esto le quitará mercado a Windows y a Mac y le dará mucho más poder al software libre.

Lo que tu dices daryo también es una opción muy buena. Seguro que hay miles de opciones más, solo hay que estudiarlas, elegir la mejor y ponernos a ello.

Lo sé, pero veo las 2 como una sola opción.

Creo que es más fácil desarrollar algo así que ir haciendo copias de todos los programas útiles que se vayan creando para Windows y Mac como se lleva haciendo desde siempre en Linux.

Por supuesto, sería MEJOR, pro no es más FÁCIL. Yo veo demasiado complicado por el hecho de que no estamos hablando de desarrollar muchas aplicaciones independiente para un núcleo ya establecido (como indicas que ha ido creciendo linux), sino que hablamos de cientos o miles de programadores trabajando en el mismo código sin una verdadera coordinación, cada uno escribiendo según su visión del proyecto y (en el peor de los casos, pero seguramente) a su conveniencia.