En la raíz:

DibujosPorFila = 8;
CuadraditosPorFila = 3;
LargoDeCuadraditos = 384/(CuadraditosPorFila*DibujosPorFila+DibujosPorFila-1);
LargoDeDibujos = CuadraditosPorFila*LargoDeCuadraditos;
MaxPosiciondePuntero = DibujosPorFila*DibujosPorFila;
// Agregar y distribuir cuadros (que serán dibujos):
CuadrosColocados = 0;
Columna = 0;
Fila = 0;
do {
	CuadrosColocados++;
	attachMovie("mCuadro", "Dibujo"+CuadrosColocados, CuadrosColocados);
	setProperty ("Dibujo"+CuadrosColocados, _x, 64+LargoDeDibujos*Columna+Columna*LargoDeCuadraditos);
	setProperty ("Dibujo"+CuadrosColocados, _y, LargoDeDibujos*Fila+Fila*LargoDeCuadraditos);
	Columna = Columna+1;
	if (Columna == DibujosPorFila) {
		Columna = 0;
		Fila = Fila+1;
	}
} while (CuadrosColocados<MaxPosiciondePuntero);

En mCuadro (m es por Movie, para distinguirlo de variables):

MaxPosiciondePuntero = _level0.CuadraditosPorFila*_level0.CuadraditosPorFila;
PosiblesColores = [0xFFFFFF, 0x888888, 0x000000];
// Agregar y distribuir cuadraditos:
CuadraditosColocados = 0;
Columna = 0;
Fila = 0;
do {
	CuadraditosColocados = CuadraditosColocados+1;
	attachMovie("mCuadradito", "Cuadradito"+CuadraditosColocados, CuadraditosColocados);
	setProperty ("Cuadradito"+CuadraditosColocados, _x, Columna*_level0.LargoDeCuadraditos);
	setProperty ("Cuadradito"+CuadraditosColocados, _y, Fila*_level0.LargoDeCuadraditos);
	setProperty ("Cuadradito"+CuadraditosColocados, _width, _level0.LargoDeCuadraditos);
	setProperty ("Cuadradito"+CuadraditosColocados, _height, _level0.LargoDeCuadraditos);
	ColorDeCuadradito = new Color("Cuadradito"+CuadraditosColocados);
	ColorDeCuadradito.setRGB(PosiblesColores[random(PosiblesColores.length)]);
	Columna = Columna+1;
	if (Columna == _level0.CuadraditosPorFila) {
		Columna = 0;
		Fila = Fila+1;
	}
} while (CuadraditosColocados<MaxPosiciondePuntero);

Este es uno de los posibles resultados, todo bien:


A mCuadro le puse una instancia llamada Botón. Dentro tiene un botón. El dibujo del botón es como un cuadradito. Si su color es 999999 se ve así:


Sino, como arriba, normal.

¿Por qué será?

999999 es el color original de los cuadraditos, sólo se me ocurre que el aparente bug tenga relación con eso, pero no tiene mucho sentido

Dejo aquí el archivo editable para quien quiera intentar explicar qué pasa y lo precise:
https://drive.google.com/file/d/11wJWUeWJAiGyeYH0Mz_TGU7IH7iN-P4J/view?usp=sharing

Veo que si cambio la forma del dibujo también funciona, pero si sólo le cambio el tamaño no ¿tendrá que ver con el hit test area o algo así?

Lo que seleccionaste es una película, el color que te muestra en el panel puede ser de otra cosa. Para cambiarle el color tienes que hacerle doble clic, eso te abre la película Botón. Luego le das doble clic a su contenido (que es un botón) y ahí sí, te muestra los frames de Reposo, Sobre, etc.

Sólo cambié el color al cuadradito de esos frames y funciona.

La solución que me diste también funciona veo, yo lo puse gráfico porque... No es una animación y pensé que no era necesario y que mejoraba la memoria. Si en el caso que queda mal pones la lista de objetos (Depurar -> Mostrar objetos) aparecen Shapes en vez de los objetos nombrados como debería (Cuadradito1, 2, etc), puede ser que Flash al ser iguales los dibujos y ser gráficos se confunde xD