registroNotas[i].alumno.registrar_estudiantes ;

registroNotas[i].alumno.registrar_estudiantes( );

float promedio = 0.0;
for ( int j=0; j < cNotas; j++ )
  promedio += registroNotas[i].notas[ j ];
promedio /= (float)cNotas;

for (int i=0; i<nestudiante ;i++){
registrar_notas(nestudiante);  	
}

for (int i=0; i<nestudiante ;i++){
registrar_notas( i );  	
}

#include <iostream>
#include <string>
#include <cstdlib>
 
const int cNotas=3, cEstudiantes=100;
 
using namespace std;
 
struct Estudiante
{
  string cuenta;
  string nombre;
  int edad;
  char sexo;
 
  void registrar_estudiantes( )
  {
    // ***********
    // getchar?? no mezcles NUNCA cin con getchar, por favor.
    // funcionan de forma diferente y mezclarlas puede provocar efectos extraños.
    // ***********
    cout <<"ingresar cuenta ";
    cin >> cuenta;
    cout <<"ingresar nombre ";
    cin >> nombre;
    cout <<"ingresar edad ";
    cin >> edad;
    cout <<"ingresar sexo ";
    cin >> sexo;
  }
};
 
struct Registro_Notas
{
  Estudiante alumno;
  int notas[cNotas];
};
Registro_Notas  registroNotas [cEstudiantes ] ;
 
void registrar_notas(int nestudiante)
{
  // ***********
  // nestudiante es el indice del estudiante actual... el bucle sobra
  // ***********
 
  // ***********
  // Si cambias 'i' por 'i+1' le das al usuario un indice mas legible
  // ***********
  cout<<"ingresar la informacion del estudiante "<< (nestudiante+1) <<endl;
  registroNotas[ nestudiante ].alumno.registrar_estudiantes( );
 
  // ***********
  // cNotas es una constante... la idea es usar un bucle
  // ***********
  for ( int j = 0; j < cNotas; j++ )
  {
    cout << "ingresar nota " << j+1 << " ";
    cin >> registroNotas[ nestudiante ].notas[ j ];
  }
}
 
// ***********
// promedio no es un argumento de la funcion... no tiene sentido
// lo que si tienes que pasarle es el indice del estudiante
// ***********
float calcular_nota_final( int estudiante )
{
  float promedio = 0.0;
  for ( int i=0; i < cNotas; i++ )
    promedio += registroNotas[ estudiante ].notas[ i ];
  promedio /= (float)cNotas;
 
  return promedio ;
}
 
// ***********
// j ??? que narices es j??? y si cambiamos j por estudiante ??? ahora queda mas claro, no?
// Pues eso.
// Ahora queda claro que todos los usos de cEstudiantes que tienes en esta funcion
// son incorrectos
// ***********
void imprimir(int estudiante)
{
  cout << registroNotas[ estudiante ].alumno.cuenta << "\t"
       << registroNotas[ estudiante ].alumno.nombre << "\t";
 
  for ( int i=0; i< cNotas; i++ )
    cout << registroNotas[ estudiante ].notas[ i ] << "\t";
 
  // ***********
  // Se supone que 100 es la nota máxima, no??
  // Entonces se aprobara si la nota es superior a 70, no inferior.
  // ***********
  if( calcular_nota_final( estudiante ) > 70.0)
    cout<<"aprobo";
  else
    cout<<"reprobo";
  cout << endl;
}
 
int main()
{
  int nestudiante=0;
 
  cout<<"ingrese cantidad de estudiantes a procesar ";
  cin>>nestudiante;
 
  cout << endl << "###" << nestudiante << "###" << endl;
 
  // ***********
  // Si nestudiante >= cEstudiante la aplicacion va a dar error, deberias controlar eso
  // ***********
  for (int i=0; i<nestudiante ;i++)
  {
    registrar_notas(i);
  }
 
  // ***********
  // Detalle: aqui puedes reutilizar i sin problemas.
  // ***********
  for (int i=0; i<nestudiante ;i++)
  {
    imprimir(i);
  }
 
  system("pause");
 
  // ***********
  // Detalle: aunque el compilador lo ponga por defecto, pon este return siempre.
  // ***********
  return 0;
}