Tu estás presuponiendo que la relación es ciudad[ i ] <-> escuela[ i ]

Yo lo que he entendido del problema es que una ciudad puede tener varias escuelas...

Entonces lo que tu dices es tener un registro por cada pareja ciudad - escuela...

Si es así, funcionar, funciona, pero no me gusta como solución porque entonces no se ve cómo se enlazan los datos por código.

En cualquier aplicación real los datos se encuentran relacionados unos con otros... y el que opte por defecto por duplicar la información en vez de enlazarla va a buscarse problemas... no es buena opción.

Precisamente... ahora que es cuando se plantean problemas sencillos es cuando hay que empezar a aplicar soluciones completas. Luego cuesta más y vienen los llantos.

El que empieza racaneando al principio va a ir a rastras durante todas las prácticas.