El switch-case esta cortado por las definiciones de funciones. Si metes las funciones al final, se acaba el problema:

#include <iostream>
#include <cstdlib>
#include <conio.h>
#include <stdlib.h>
 
using namespace std;
 
void pausa();
 
 struct Nodo{
   int dato;
   Nodo *siguiente;
};
 
 
 
 
//Prototipos de Función
void agregarPila(Nodo *&,int);
void sacarPila(Nodo *&,int &);
void mostrarPila(Nodo *&,int &);
int main(){
    bool bandera=false;
    char tecla;
 
    do{
        system("cls");
        cin.clear();
        cout << "Calculadora" << endl;
        cout << "-----------" << endl << endl;
        cout << "\t1 .- Sumar" << endl;
        cout << "\t2 .- Restar" << endl;;
        cout << "elige una opcion: ";
 
        cin >> tecla;
 
      switch(tecla){
         case '1':
                {
                Nodo *pila = NULL;   //Inicializamos pila
                int dato, aux;
                char rpt;
                aux=5;
                do{ //Pedimos todos los elementos de la pila
                    //cout<<"Digite un numero: ";
                    //cin>>dato;
                    if (aux<=0||aux>5){
                        cout<<"Alcanzo los 5 digitos: ";
                        break;
                    }
                    cout<<"Digite un numero: ";
                    cin>>dato;
 
                    if(dato==0){
                        if((aux==5)||(aux==4)||(aux==2)||(aux==1)||(aux==0)){
                            //cout<<aux-1;
                            agregarPila(pila,dato);
                        } else {
                            cout<<"\nNO ES UN VALOR ACEPTADO: ";
                            break;
                        }
 
                        aux=aux-1;
                        cout<<aux;
                    }
 
 
                if(dato==1){
                    if(aux==3){
                        //cout<<aux-1;
                        agregarPila(pila,dato);
                    } else {
                        cout<<"\nNO ES UN VALOR ACEPTADO: ";
                        break;
                    }
                    aux=aux-1;
                    cout<<aux;
                }
 
                if (aux<=0 || aux>5){
                    cout<<"\n\nAlcanzo los 5 digitos: ";
                    break;
                }          
 
                cout<<"\nDesea agregar otro numero a pila(s/n): ";
                cin>>rpt;
 
            } while((rpt == 's')||(rpt=='S'));
 
      //if (aux<=0||aux>5)
      //{
         //   cout<<"Alcanzo los 5 digitos: ";
            //break;
        //}
 
 
   //cout<<"\nIMPRESION #2: \n";
   //cout<<"\nIMPRESION #2: \n";
            cout<<"Mostrando los elementos de la pila en la columna ENTRADA: ";
   //while(pila != NULL){
   //   sacarPila(pila,dato);
 
   //   if(pila != NULL){
   //      cout<<dato<<" , ";
   //   }
   //   else{
   //      cout<<dato<<".";
   //   }
   //}
 
 
   //cout<<"\n\n\nIMPRESION #2: \n";
            cout<<"\n\tESTADO\tENTRADA\tRESULTADO\n";
 
            int a=0;
            int b=0;
 
 
            while(pila != NULL){
                sacarPila(pila,dato);
 
                if(pila != NULL){
                    cout<<"\t q"<<a<<"\t "<<dato<<"\t q"<<b<<"\n";
                    if((a==0)&&(b==0)){
                        a=0+dato;
                        b=0+dato;
                    } else {
                        a=1;
                        b=1;
                    }
                } else{
                    cout<<"\t q"<<a<<"\t "<<dato<<"\t q"<<b<<"\n";
                }
            }
 
 
            getch();
            return 0;
 
        }
 
 
         case '2':
            system("cls");
            cout << "Has elejido Restar.\n";
            pausa();
            break;
 
         default:
            system("cls");
            cout << "Opcion no valida.\a\n";
            pausa();
            break;
      }
    }while(bandera!=true);
 
    return 0;
}
 
void pausa()
{
    cout << "Pulsa una tecla para continuar...";
    getwchar();
    getwchar();
}
 
void agregarPila(Nodo *&pila,int n){
   Nodo *nuevo_nodo = new Nodo();
   nuevo_nodo->dato = n;
   nuevo_nodo->siguiente = pila;
   pila = nuevo_nodo;
 
   cout<<"\n\tElemento "<<n<<" agregado a PILA correctamente"<<"\n";
}
void sacarPila(Nodo *&pila,int &n){
   Nodo *aux = pila;
   n = aux->dato;
   pila = aux->siguiente;
   delete aux;
}
void mostrarPila(Nodo *&pila,int &n){
   Nodo *aux = pila;
   n = aux->dato;
   pila = aux->siguiente;
   delete aux;
}