Hola! las estructuras, a diferencia de los arreglos, se pueden asignar unas a otras. Esto:

                                 aux.c=ALUMNO[l].c;
                                               strcpy(aux.nombre,ALUMNO[l].nombre);
                                               aux.calificacion=ALUMNO[l].calificacion;
                                               aux.lista=ALUMNO[l].lista;
                                               aux.dia=ALUMNO[l].dia;
                                               aux.mes=ALUMNO[l].mes;
                                               aux.ano=ALUMNO[l].ano;

equivale a:

aux=ALUMNO[l];

Saludos

PD: el ordenamiente lo hace bien??? sino busca el metodo de la burbuja, que es uno de los mas faciles de entender