¿Te refieres a una función que se ejecute cada 3 segundos?

Pues no xD.

Aver, main llama a funcion_principal(). En funcion_principal() llama a funcion1(), espera 3 segundos y después llama a funcion2().

Si es eso, solo tendrías que poner rest(3000), si no es eso entonces no te entiendo... A no ser que quieras que la función y el main se ejecuten al mismo tiempo (¿Es eso?)

Es decir, una tarea en segundo plano.

Pues la manera más sencilla (relativamente) es usando threads (hilos). C++ tiene una clase para threads pero es relativamente nueva (no todos los compiladores están actualizados con ella).

Asi que te hago un ejemplo con las Windows API:

#include <winalleg.h>
 
 
DWORD WINAPI Funcion( LPVOID lpParam )
{
  Funcion1();
  rest(3000);
  Funcion2();
}
 
int main()
{
   //...
   CreateThread(NULL,0,Funcion,NULL, 0,NULL);  
 
  while(!key[KEY_ESC] && !choque )
  {{/code]

Desde el momento de CreateThread, se ejecutarán en segundo plano.

Son expresiones que se han inventado los de microsoft... Son tan especialitos, su equivalencia es la siguiente:

DWORD = unsigned int
LPVOID = void*

Y lpParam es el nombre que le he puesto al parámetro de la función (se le puede pasar un parámetro al hilo), también le podría haber puesto "habichuelas".

Te recomiendo que hagas algunas prácticas con hilos... Si tienes linux mejor (ahí tienes la librería pthread que es más fácil que Windows API).

Eso voy a hacer la verdad, porque es la primer vez que oigo de su existencia y me podrían ser muy útiles. Sí, tengo linux, pero por alguna razón no me funciona bien allegro así que utilizaré windows.
Un saludo y gracias por todo