Ok, ya esta arreglado, muchas gracias por todo, el fallo lo tenia en una función, donde hay 2 archivos de textos que los abro y cierro múltiples veces
No tienes que abrir y cerrar el mismo archivo multiples veces... Para rebobinar puedes usar la función Lectura.seekg(0, ios::beg); y para limpiar el EOF (si estuviera activado) puedes usar la función Lectura.clear();