Gracias, aún sigo con el dichoso bug, creo que lo dejaré por un tiempo y me pondré a implementar algunas cosas interesantes en el svn y pasado un tiempo lo miraré otra vez a ver si encuentro el problema. Lo malo es que no podré lanzar la 1.0 estable hasta haberlo solucionado pero en fin...

Lh: No hagas doble post, utiliza el botón modificar.

Bueno, he creado una solución temporal, llamando a cmd.exe /C comando...
No es muy bonito y tal pero al menos ejecuta los comandos y devuelve el resultado.
Lo considero suficiente como para cerrar el bug.