un consejo sobre el uso de maquinas virtuales ... también como tu cometía pequeños problemas sobre mi tiempo y la solución a eso es tomar instantáneas o snapshot ...
1ero saber diferenciar entre apt-get upgrade y apt-get update

apt-get update: actualiza la lista de paquetes disponibles y sus versiones, pero no instala o actualiza ningún paquete. Esta lista la coge de los servidores con repositorios que tenemos definidos en el sources.list.
apt-get upgrade: una vez el comando anterior ha descargado la lista de software disponible y la versión en la que se encuentra, podemos actualizar dichos paquetes usando este comando: apt-get upgrade. Instalará las nuevas versiones respetando la configuración del software cuando sea posible (esta es la maravilla de este tipo de sistemas).

2do Te recomiendo que instales una sola vez kali linux y despues de eso tomes una instantánea o snapshot y ese sera tu nuevo punto de partida así ya no perderías tiempo en formatear muchas veces sino aprovechar mas la distro