Yo hace tiempo hice algo similar, se puede decir que igual pero con diferente propósito, aunque tuve un problema xD.
Te recomiendo que antes de agregarle Ajax al code, lo hagas funcionar normalmente. Así si tienes un error ya sabrás que por esa parte no esta.
El problema que tuve es que no pude mantener la ID del proceso, así que XD
Aunque el que estaba desarrollado seria mas bien para propósito General. El que estas tratando de desarrollar solo es para enviar consultas SQL, de modo que la conexion MYSQL la puedes hacer en el mismo source y el usuario solo ingresaría consultas SQL.
Recuerda que lo de menos es utilizar Ajax, si no que tengas bien la idea de como harás todo.
El script puede causarte un DoS. También esta la opción que alguien encuentre el archivo y lo ejecute varias veces.
Yo en tu caso, editaría el source y eliminaría el do-while. Y lo que haría, seria ejecutar el script cada x tiempo, así evito un futuro auto DoS. Puedes usar cron o otro programa similar.
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