Antes de preguntar busque mucho en internet encontre esos comandos.
Pero no puedo mover todos los archivos de una extension a otra parte.
La info que encontre fue justamente la del caso del FSO. Pero hay que indicar el nombre del archivo, la ruta y todo eso.
My.Computer.FileSystem.MoveFile("C:\Carpeta1\archivo.txt", _
"C:\Carpeta2\archivo.txt")