Primero tienes que saber que tipo de malware quieres hacer...
Pero recomiendo C++ bajo mi experiencia, incluso con batch puedes hacer cosillas, si lo juntas con VBScript también, aunque parezca que no, mírate algún video de peña que junta varios archivos y los comprime en un .rar y acaban haciendo un malware con eso.
Saludos!