podrías economizar pines del micro enviando la salida en BCD y agregando un deco BCD-7segmentos, y luego usar los pines así:
4 para salida bcd
3 para direccionamiento de display
2 para los pulsadores solicitados
2 para conectar DOS sensores, cerca uno del otro como para que se descubra uno y luego inmediatamente el otro, y detectar los mismos orificios pero con una lógica que, según cual sensor se descubre primero, determine hacia donde gira el disco, incrementando ó decrementando luego el contador.