malwarebyts funciona perfecto, te lo descargas, lo guardas en una memoria, lo instalas en la máquina infectada, lo corres y luego borras los archivos infectados que te detectó. Intenta bajarlo desde el sitio oficial y no de cualquier lado ya que muy probablemente esté infectado también.

Jhon the Ripper, no hay nada mejor para los .rar con pass.

En este caso, si es que va a juicio entran en juego los peritos, el juez debe poner uno, la empresa un perito de parte y tu otro perito de parte. Que quiero decir, que no es necesario que aprendas a hackear para demostrar algo, tampoco es algo que se aprenda de un día para el otro ya que los escenarios siempre cambian, basta con actualizar el java o eliminar un programa para que tengas que modificar toda la metodología de ataque.
Presta atención a la cadena de custodia, y dile a tu abogado que insista con ésto. Si la cadena de custodia no está bien definida y no se sabe q paso con tu máquina después de que te la hayan cambiado, pueden alegar que las pruebas fueron  plantadas. Todos los eventos y logs pueden modificarse, asi que prestale mucha atención a la cadena de custodia.