mmmm nose si te entendi bien pero bueno intento resolverte la duda
hay troyanos ya "prefabricados" como el bifrost (es el que estuve mirando hace tiempo) que tienen una opcion para hacerlos invisibles en el registro si no me equivoco
si lo desarrollas tu, pues dependiemdo el lenguaje que utilices tendra diferentes metodos.
Por ejemplo en VB6 en el form puedes poner las visibilidad como false.
Te equivocas el bifrost no tiene ningun metodo para hacerse invisible al inicio pero si al ejecutarse con la opcion "melt" , el bifrost si usas una herramienta para veer el registro lo detectas.
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porque por google sale todo medio engañoso con respecto a .exe's 
. Gracias por la info.