bueno, en el mundo laboral el que tenga el "papelito"(titulo) siempre tendra mas posibilidades de quedarse con el puesto, ya que, se supone que el titulo es sinonimo de que tuvo una formacion y aprendizaje profesional (aunque sabemos que no siempre es asi), pero el autodidacta todavía tiene la opcion de trabajar como freelance.

ahora bien si hablamos de quien tiene mas conocimiento,
se supone que en las ingenierias (software,informatica,ciencias de la compu,sistemas,etc) no solo se enseña a programar de echo programar tan solo es una parte y tienes que aprender por ti mismo ellas tan solo te dan introducciones, bases, conceptos, "herramientas" para facilitarte la comprension y el aprendizaje de los lenguajes de programacion. (ya que estos siempre se estan actualizando y hay docenas por no decir que hay cientos o miles)
asi que basicamente el buen ingeniero tambien termina siendo autodidacta.

pero a un asi creo que siempre dependera de la persona, por ejemplo hoy en dia en la gran red si sabes buscar encuentras de todo inclusive se pueden encontrar los mismo libros que usan los profesores como apoyo para dar clases, asi que quien dice que el programador autodidacta no puede copiar el plan de estudios de la ingeniera y estudiar las materias por su propia cuenta ?
al igual que un estudiante de ingeniera quien dice que no puede estudiar otra materia que no este en su plan de estudios o profundizar en algun tema o lenguaje para aumentar sus conocimientos por cuenta propia?

en fin, creo que el mejor programador siempre sera el que tenga mas sed de conocimiento, ganas de mejorar y este dispuesto a esforzarse, independientemente del nivel educativo que tenga, saludos.