finalmente he conseguido hacer lo que me pedia el profesor, dejo aqui el codigo por si a alguien le pudiese servir....

import java.io.IOException;
 
/**
 *
 * @author seve
 */
public class piza208 {
   private char [] vector= new char[30];
 
   void recolleCadena() throws IOException{
      char letra;
      int i;
       //System.out.println("Introduce cadea:");
      letra= (char)System.in.read();
      i=0;
      while (letra!= '\r'){
         vector[i]=letra;
         letra= (char)System.in.read();
         i++;
      }
   }
 
   void amosaCadena(){
      int i;
 
      i=0;
      while(vector[i]!='\0'){
         System.out.print(vector[i]);
         i++;
      }
   }
 
   void eliminaPares(){
      int i;
      int j; 
      i=0;
      j=0;
      while(vector[i]!='\0'){
 
         if(i%2!=0){
            vector[j]=vector[i];
            j++;
         }
         vector[i]='\0';
         i++;
      }
   }
}
 

muchas gracias por tu solucion, pero me temo que es demasiado complejo para lo que me piden, ya que se me exije hacerlo tal y como tengo en mi codigo... se que quiza no sea lo optimo, pero no puedo hacerlo tal y como me propones.... me resignaré a intentar apañarme probando de nuevo con los recorridos de los bucles a ver si logro algo..... de nuevo mil gracias por tus molestias 

este es el total de mi codigo, un metodo para recoger una cadena pasada por teclado, otra para mostrarla, ahora debo hacer un nuevo metodo que elimine las posiciones pares y finalmente llamaré de nuevo al metodo mostrar...

public class piza208 {
   private char [] vector= new char[30];
 
   void recolleCadena() throws IOException{
      char letra;
      int i;
       //System.out.println("Introduce cadea:");
      letra= (char)System.in.read();
      i=0;
      while (letra!= '\r'){
         vector[i]=letra;
         letra= (char)System.in.read();
         i++;
      }
   }
 
   void amosaCadena(){
      int i;
 
      i=0;
      while(vector[i]!='\0'){
         System.out.print(vector[i]);
         i++;
      }
   }
 
   void eliminaPares(){
      int i=0;
      int j=0; 
 
         for( i=0;i<vector.length;i++){
            if(i%2==1){
               for (j=i;vector[i]!='\0'&&j<vector.length;j++)
                  vector[j]=vector[j+1];                  
            }
            vector[i]=vector[j];
 
      }
   }
}

quiza me he explicado mal, lo que tengo que hacer es juntar las "letras" de contiene mi array tras eliminar las posiciones vacías, es decir, mover la posicion impar siguiente a la posicion par... es decir,si paso la  cadena
 "caminante" la cadena quedara asi: "aiat"

hola¡¡¡ necesito ayuda urgente, tengo que diseñar un programa que me elimine las posiciones pares de un array y comprimir el mismo, tras varias horas intentandolo no he sido capaz de hacerlo... acepto cualquier ayuda que puedan darme, gracias

a continuacion pongo lo que hice hasta el momento:

void eliminaPares(){
      int tamanho=vector.length;
      for(int i=0;i<vector.length;i++){
         if(i%2==1){
            for (int j=i;j<vector.length;j++)
               vector[j]=vector[j+1];
         }
      }
   }

Mod: Codigo modificado, usa etiquetas GeSHi