Ya lo tienes todo!.

Solo, en esta parte esta algo mal:

    for(int k = 0; k<j; k++)
    {
        invert[k] = pop(&Tope);
    }

    if(strncmp (letra,invert,strlen(invert)) == 0) //strncmp (letra,invert,strlen(invert)) == 0 || strcmp(letra, invert) == 0
        printf("Si es un palindromo\n");
    else
        printf("No es un palindromo\n");


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Tienes que evaluar tu frase inversa y la no inversa, si existe alguna letra que no concuerde con esto ya no es un palidromo, si todas las letras concidieron es palidromo, sustituye lo de arriba por algo asi:

   char flag(1);
    for(int k = 0; k<j; k++)
    {
      //Obtiene elemento de la pila
      invert[k] = pop(&Tope);
      //Compara la cadena puesta en pila VS la cadena original (sin espacios)
      if(invert[k] != letra[k]){
         flag='F';
      }     
    }


Si flag = F no es un palidromo, en caso contrario es un palidromo.


Espero te pueda ayudar asi.