Amigo, a mi tambien me ocurrio lo mismo, yo cada 4 dias app, uso el update,upgrade,dist-upgrade, y todo normal, hasta la semana pasada que se me desaparecio del dektop todas las carpetas.
Si bien estan todas en la carpeta escritorio, y podemos acceder a ellas desde lugares, o por consola, no es lo mismo de tener todo a la mano, yo tengo mi Kali Rolling montado en VBox, y jamas he tenido problema salvo ahora...
nisiquiera instalando gpedit, pude resolver el tema, es como que la distro ahora no permite accesos directos en el escritorio, seguire investigando por mi cuenta...