Refloto y contesto ya que me llevó a confusión la explicación de songoku pero gracias a él conseguí por fin, sin que falle como le pasa al "SUPER © v2013.build.57"

Explicación de como cambiar solo el Audio (ac-3 a mp3) dejando el video sin tocar de una sola vez.
Format Factory:
Llevas con el ratón un fichero de video al Format Factory.
Seleccionas Cualquier Tipo a "AVI, MKV, MP4, etc"
Pulsas en Configuración vas a Codificador de Vídeo y en la flechecita del desplegable seleccionas Copy, ya se colocan los parámetros de video por defecto solos.
Ahora tocar poner el Audio, pulsar en Codificador de Audio y en la flechecita del desplegable seleccionas el que quieras también modificar al gusto Frecuencia de muestreo y tasa de Bits y si quieres subirle el volumen un poco ponerlo en 6 dB.