Excelente amigos eso era lo que necesitaba, ustedes son geniales muchas gracias.. Y disculpen por no haberles repondido antes pero es que estaba de viaje..jejejje.
Cuidensen.. 

AMIGOS MUCHAS GRACIAS POR ATENDER MI PREGUNTA, SE LAS EXPLICARE MUCHO MEJOR:

HE CREADO UN ARCHIVO EJECUTAME.BAT CON LA SIGUIENTES LINEAS DE TEXTO:
echo C:\\WINDOWS\ESCRITORIO\Trojan.BAT>>c:\\AUTOEXEC.BAT
rem Este *.bat me alterara el archivo que yo quiero, poniendo a cargar el otro archivo *.bat que sera el que se cargara cada vez que inicie windows.

y digamos que en el Trojan.Bat vaya el comando CMD "Solo como "ejemplo".
Necesito que la linea que he agregado  anteriormente se agregue en cualquier lugar del archivo menos al final del archivo..
Muchas gracias..

AL FINAL TODOS MORIREMOS

HOLA A TODOS SOY UN GRAN ADMIRADOR DE ESTA WEB Y DE ESTE FORO ME ENCANTA TODOS LOS TEMAS QUE TOCAN HE APRENDIDO MUCHO CON USTEDES MUCHAS GRACIAS MI PREGUNTA ES LA SIGUIENTE:

QUIERO AGREGAR UNA LINEA DE TEXTO AL ARCHIVO AUTOEXEC.BAT PARA QUE EJECUTE ALGO QUE QUIERO PERO NO HE PODIDO, LA AGREGO PERO AL FINAL DEL ARCHIVO Y NO ME EJECUTA LO QUE QUIERO(CLARO ESTA QUE LA AGREGO DESDE OTRO ARCHIVO *.BAT), EN CAMBIO SI ALTERO DIRECTAMENTE EL ARCHIVO Y COLOCO EL COMANDO QUE QUIERO QUE SE EJECUTE EN MEDIO DEL RESTO DE COMANDO SI ME EJECUTA..
QUIERO QUE LA LINEA QUE AGREGUE LA PUEDA HACER EN CUALQUIER LUGAR DEL ARCHIVO
MUCHAS GARCIAS Y CUIDENSEN..

Nota del moderador: Procura no escribir en mayúsculas, ya que te leemos igual.Gracias