seguramente lo meta en cuarentena para que no afecte al resto del ordenador. y lo mantenga durante un tiempo (a veces hasta un mes) para que compruebes antes de eliminarlo si provoca o no problemas el hecho de que no este en el ordenador (algunos virus infectan archivos necesarios y si te los cargas puede dejar de funcionar el pc)
de todas formas te recomiendo que hagas una copia de tu pc con algun programa de backup (norton ghost, backup exec ....) y que procedas a toquetearlo todo y probar. si la lias no problem restauras y como nuevo.
PD: De todos los que hay rondando por la red te recomiendo karspersky aunque se han puesto un poco tontos con las claves o avast que es un poco pesado pero es gratis.