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Código
func setter_matrix(x, y):  #a esta funcion la llamo desde un for de afuera para setear numeros de 1 a 6 y la entrada(5) y salida(6)
	if x == 0 and entrada_creada == false:
		randomize()
		var n = randi()%5+1
		if n == 5:
			entrada_creada = true
			if y == WIDTH-1:
				entrada_creada = true
			return 5
		return n
	elif x == 3 and salida_creada == false:
		randomize()
		var n2 = randi()%6+1
		if n2 == 6:
			salida_creada = true
		if y == WIDTH-1:
			entrada_creada = true
			return 6
		if n2 == 5:
			return 1
		return n2
	else:
		return randi()%4+1
 
 
 
 
 
#Funcion para asegurar que haya: Entrada, Salida y 2/3
func corregir_matrix(matrix):
	var encontrado2
	var entrada
	var bajada
	for x in range(WIDTH):
		encontrado2 = false
		for y in range(HEIGHT):
			if x == 0:
				if matrix[x][y] == 5:
					entrada = y
			if x != HEIGHT -1 :
				if (matrix[x][y] == 2) and (encontrado2 == false):
					matrix[x+1][y] = 3
					encontrado2 = true
					bajada = y
				elif matrix[x][y] == 2 and encontrado2 == true:
					matrix[x][y] = 1
				elif y == WIDTH-1 and encontrado2 == false:
					if x == 0:
						if entrada + 2 < WIDTH:
							matrix[x][entrada+2] = 2
							matrix[x+1][entrada+2] = 3
							bajada = entrada + 2
						else:
							matrix[x][entrada-2] = 2
							matrix[x+1][entrada-2] = 3
							bajada = entrada - 2
					else:
						if bajada + 2 < WIDTH:
							matrix[x][bajada+2] = 2
							matrix[x+1][bajada+2] = 3
							bajada = bajada + 2
						else:
							matrix[x][bajada-2] = 2
							matrix[x+1][bajada-2] = 3
							bajada = bajada - 2
			else:
				if matrix[x][y] == 6:
					return matrix
	for y in range(HEIGHT):
		if matrix[3][y] == 3:
			if y + 2 < WIDTH:
				matrix[3][y+2] = 6
				return matrix
			else:
				matrix[3][y-2] = 6
				return matrix
	return matrix
 
 
 
 
#Funcion para asegurar que haya unos entre 2/3/5/6
func corregir_matriz_2(matrix):
	var entrada
	var salida
	var bajada1
	var bajada2
	var aux
	for x in range(WIDTH):
		for y in range(HEIGHT):
			if x == 0:
				if matrix[x][y] == 2: ###
					bajada1 = y
				if matrix[x][y] == 5:
					entrada = y
			elif x != 0 and x != HEIGHT -1 :
				if matrix[x][y] == 2: ###
					bajada1 = y
				elif matrix[x][y] == 3 and matrix[x-1][y] == 2:
					bajada2 = y
			else:
				if matrix[x][y] == 3 and matrix[x-1][y] == 2:
					bajada2 = y
				elif matrix[x][y] == 6:
					salida = y
 
 
		if x == 0:
			if bajada1 < entrada:
				aux = entrada - (bajada1)
				for y in range(aux):
					if matrix[x][bajada1+y] == 4:  #Antes: bajada+1 Ahora: bajada+y 
						matrix[x][bajada1+y] = 1   #Si era + 1 siempre reemplazaba en el mismo lugar
			else:
				aux = bajada1 - (entrada)
				for y in range(aux):
					if matrix[x][entrada+y] == 4:
						matrix[x][entrada+y] = 1
 
		elif x != 0 and x != HEIGHT -1 :
			if bajada1 < bajada2:
				aux = bajada2 - (bajada1)
				for y in range(aux):
					if matrix[x][bajada1+y] == 4:
						matrix[x][bajada1+y] = 1
			else:
				aux = bajada1 - (bajada2)
				for y in range(aux):
					if matrix[x][bajada2+y] == 4:
						matrix[x][bajada2+y] = 1
 
		else:
			if bajada2 < salida:
				aux = salida - (bajada2)
				for y in range(aux):
					if matrix[x][bajada2+y] == 4:
						matrix[x][bajada2+y] = 1
			else:
				aux = bajada2 - (salida)
				for y in range(aux):
					if matrix[x][salida+y] == 4:
						matrix[x][salida+y] = 1
	return matrix
Perdón, es muy feo el código pero funciona. Por eso queria saber si hay una manera mas elegante o mejor de hacerlo. Con pseudocodigo me arreglo!