Hola:
Mi recomendación sería que definieras antes de nada todas las peculiaridades del modelo de comercio que deseas desarrollar (jerarquías de productos, características que definen a cada producto, tipos de pago admitidos, entidades bancarias, tipos de envío/agencias con las que trabajarás, sistema de descuentos, gestión de boletines, noticias, campañas de fidelización, integración con Social Media, gestión contable, control de stock, etc...) ya que, aunque la idea más extendida es que las soluciones tipo Prestashop, Magento o VirtueMarket disponen de multitud de módulos con los que adaptar el framework básico a tus necesidades concretas la realidad es que estos módulos casi siempre suelen quedarse cortos y, a la larga, te obligan a invertir más dinero del que podría costar un desarrollo totalmente a medida.
Por otra parte está el tema de las dependencias que se crean entre la versión del software de comercio electrónico y cada uno de esos módulos de los que hablábamos antes. Como cambies de versión una cosa, todo lo demás puede dejar de funcionar a causa de las malditas interacciones.
En definitiva, lo dicho, planifica al milímetro qué debe hacer tu aplicación de comercio electrónico y qué elementos a nivel de diseño deseas introducir en tu web para diferenciarla de la competencia (la mayoría de soluciones prefabricadas acaban pareciendo clones unas de otras pues no se invierte una cuantía necesaria en la adquisición/modificación de las plantillas básicas). A partir de ahí, si has de "ajustar" más de un par de módulos para que trabajen con arreglo a tu modelo de negocio plantéate si no te saldría más rentable un desarrollo a medida.
Elijas lo que elijas, no te preocupes, por mi experiencia con otros clientes de la empresa donde trabajo te garantizo que con esfuerzo, ingenio y echándole ganas tu comercio saldrá adelante.
Un saludo.