Mil gracias sapito, creo con eso solucionaría mis problemas.
Ya te comento como sale todo cuando lo implemente.

Un abrazo y gracias de nuevo.

Muchas gracias por tu extensa respuesta. El fallo surge cuando la aplicación lleva un rato funcionando, y se han hecho varias consultas a la base de datos. No falla en un sitio en concreto.
Las consulta a la base de datos las hago de la siguiente manera: tengo una clases a las que llamo repositorios todas con un método open() y un método close(), en esas clases están todos los métodos de las consultas. Puede radicar el problema en tener tantas conexione con la BD?, es decir por ejemplo tengo una clase clientesRepository donde están todos los métodos para trabajar con la BD y los clientes, al open de esta clase solo lo llamo una vez y lo mantengo abierto. El problema puede estar en que puedo tener como unos 15 o 20 clases de ese tipo.

Lo del IDE lo he dicho, porque es muy curioso que ejecutándolo desde Netbeans nunca me ha dado problemas de esa índole. Y cuando ya iba muy avanzado el proyecto y el cliente ya tenia una primera versión fue cuando surgieron esos tipos de problemas.

Muchas gracias de nuevo.

Hola, en primer lugar me presento, ya que soy nuevo en el foro. Me llamo Miguel soy Ingeniero Técnico en Informática.

Llevo unos 9 meses desarrollando una aplicación Java con NetBeans.
Es una aplicación de gestión de clientes, facturación, presupuestos, etc. Utiliza una BD de Access y la conecto con un driver JDBC-ODBC.
Os podeis imaginar que si llevo 9 meses desarrollando la aplicación a pleno rendimiento, es una aplicación bastante abultada...
Pero tengo un problema muy grande, y estoy desesperado. La aplicación cuando la ejecuto desde de Netbeans corre muy bien y rápida. Pero cuando la ejecuto desde el .jar o desde consola la aplicación se vuelve muy torpe, se queda pillada en las consultas a la base de datos, en las iteraciones a las linkedList,... en resumen que estoy jodido...
He probado a ejecutarla con eclipse pero le pasa lo mismo, va muy lenta.

No se que hacer ya. Ha alguno le ha ocurrido algo parecido?

Gracias de antemano.