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La ventaja de hacerlo por Scene Builder es que tu puedes diseñar tu GUI simplemente arrastrando controles (como Visual Studio), pero la ventaja es que no te genera código Java, si no código FXML.
FXML es un lenguaje de etiquetado con el que podemos crear nuestras GUI's, no se mezcla en nada con código Java. De esta manera, se separa una clase Controladora y la vista (FXML).
Cuando creamos una GUI con SceneBuilder tenemos que especificar cuál es la clase Controladora que manejará la GUI.
Primero, tienes que crear un proyecto JavaFX FXML Aplication o si quieres usar un paquete dentro de un proyecto ya existente, simplemente dale clic derecho -> Other -> JavaFX - Empty FXML.
Esto no es del todo cierto ya que para controlar directamente los controladores que te ha creado el FXML es muy cansado ya que si tienes que pasar informacion entre formas o incluso redefinir acciones en tiempo de ejecucion es muy dificil ya que todas las propiedades se encuentran en el FXML, ademas haciendolo del modo "Manual" estaras obligado a tener una variable a la cual seguirle la pista para cada componente, cosa que en FXML puedes tener un boton sin tener la variable correspondiente en el controlador, mas bien la tienes en en el FXML y para hacer uso de ella tienes que agregar la etiqueta @FXML para indicar el contexto y tiene que ser una variable global, dejando los componentes simples que solo se usan una vez sin variable o con una variable Global lo que supone perdida de memoria.....
Un Ejemplo sencillo
Modo: manual
public void crearVentana(){
Label etiqueta=new Label("Enviar Formulario");
-------------------------------
Código
-------------------------------
Button enviar=new Button();
enviar.setOnAction(); << esta asignacion termina muriendo con la funcion
}
Modo: FXML
@FXML
private Button enviar;
public void crearVentana(){
Label etiqueta=new Label("Enviar Formulario");
-------------------------------
Código
-------------------------------
enviar=new Button();
enviar.setOnAction(); << la asignacion NO termina muriendo con la funcion ni la variable
}
pero bueno digamos que hacerlo con FXML hace que para las personas que inician separen un poco mejor el MVC y tambien para hacer aplicaciones poco complejas