si quieres instalar una distribución de linux en un pendrive, existe un truco:
(antes de nada te recomiendo formatear el pendrive en NTFS)
1º haz dos particiones una en ext4 y otra en formato linux swap
2º instala el grub en la partición ext4 del pendrive, hay varios programas que te lo hacen:
este es uno:
http://download.gna.org/grub4dos/grub4dos-0.4.4-2009-06-20.zip 3º copia todo el contenido del raíz ("/") (de otro ordenador donde lo hayas instalado, o puedes instalarlo en una maquina virtual para poder hacerlo) con subdirectorios incluidos a capón en la partición ext4 con el grub previamente instalado
una vez echo esto solo te quedara arrancarlo