mira, no estoy seguro, pero con la funcion filelen podras conseguir algo!!! osea calcular el tamaño de los archivos a copiar y luego con un timer testear el tamaño de la copia!!
Probablemente sea un virus que esta repitiendo una determinada rutina cada 40 segundos como tu dices. te recomiendo que abras el administrador de tareas INICIO-EJECUTAR-TASKMGR.EXE o Alt+Ctrl+Supr , y en la pestaña de procesos selecciones 1 y lo termines aver si la falla se corrige, y asi con todos.