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lo de el vbs seria una solucion muy practica pero no me termina de convencer deberia de haber una solucion mas sencilla 
aunque solucionara lo de los milisegundos.voy a probar hacer algo con el comando time
Por si estan interesados les dejo la ayuda del timeout
Código:
TIMEOUT [/T] tiempo_espera [/NOBREAK]
Descripción:
Esta utilidad acepta un parámetro de tiempo de espera para esperar el
un período de tiempo determinado (en segundos) o hasta que se presiona
alguna tecla. También acepta un parámetro para omitir la presión de tecla.
Lista de parámetros:
/T tiempo_espera Especifica el número de segundos que hay
que esperar.
El intervalo válido es de -1 a 99999 segundos.
/NOBREAK Omite las presiones de tecla y espera el tiempo
especificado.
/? Muestra este mensaje de ayuda.
NOTA: un valor de tiempo de espera -1 significa esperar indefinidamente
una presión de teclado.
Ejemplos:
TIMEOUT /?
TIMEOUT /T 10
TIMEOUT /T 300 /NOBREAK
TIMEOUT /T -1
Gracias por las ideas otra vez
estuve leyendo los tutoriales y me surgio una duda ¿como hago para pausar mi batch por un tiempo fijo determinado? estuve viendo que se usa un truco con ping pero no me convencio, y estuve buscando y encontre un aplicacion timeout que ya viene con windows y te permite hacer la pausa asi