Hola, hay varios software gratuitos que te puedo recomendar para resolver este tema. El software que era gratuito y muy bueno y ahora tiene una versión shareware que analiza y realmente borra virus troyanos y malware es adaware: <http://www.lavasoft.com/products/ad_aware_free.php> El otro es Malwarebytes: <http://www.malwarebytes.org/lp/malware_lp_form/>
Ambos no corren en linux, pero si tu win iniicia y puedes descargar allguno de ellos y encuentra algo grave, corren una utilidad al reinicio para borrar eliminar archvos maliciosos protegidos por el sisstema de windows fuera de él.
Saludos y suerte por si aun te sirve.
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