Coincido completamente, si configuras las iptables,sobre todo en modo drop y las añades directamente para que se autoejecuten en el arranque corres el riesgo de autobloquearte u otra serie de problemas ,sobre todo si el equipo lo utilizan varias personas o está montado en una empresa.
Te puedes ahorrar las llamadas del tipo "es que yo antes podia usar emule y ahora no conecta"
mejor crear un script ,ir probando todos los servicios necesarios antes de añadirlo de forma definitiva.