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Hola! como bien te dicen puedes hacer uso de la JNI, yo apenas ayer la use, necesitaba usar el nombre corto ( formato 8.3 ) de los archivos en windows, pues desde mi programa java ejecutaba otro que recibe parametros desde la consola.

aqui te dejo un ejemplo, espero te sirva.

////////////////////// ARCHIVO Main.h ///////////////////////////////

Código:

/* DO NOT EDIT THIS FILE - it is machine generated */
#include <jni.h>
/* Header for class Main */

#ifndef _Included_Main
#define _Included_Main
#ifdef __cplusplus
extern "C" {
#endif
/*
 * Class:     Main
 * Method:    getShortPathName
 * Signature: (Ljava/lang/String;)Ljava/lang/String;
 */
JNIEXPORT jstring JNICALL Java_Main_getShortPathName
  (JNIEnv *, jobject, jstring);

#ifdef __cplusplus
}
#endif
#endif

//////////////////////// ARCHIVO Main.c /////////////////////////////////

Código:

#include <jni.h>
#include <stdio.h>
#include <windows.h>
#include "Main.h"

JNIEXPORT jstring JNICALL Java_Main_getShortPathName
  (JNIEnv *env, jobject o, jstring thePath) {
          
 long lResult = 0;
 WCHAR buff[255];
 const jchar *utfPath = (*env)->GetStringChars(env,thePath,NULL);
 
 lResult = GetShortPathNameW(utfPath,buff,255); 
  
 (*env)->ReleaseStringChars(env,thePath,utfPath);          
  return (*env)->NewString(env,buff,lResult);
}

//////////////////////// Main.java ////////////////////////////////

Código:

public class Main {
    
    private native String getShortPathName(String thePath);
    
    public static void main(String[] args) {
        Main app = new Main();
        System.out.println(app.getShortPathName("C:\\Documents and Settings");
    }
    
    static {
        System.loadLibrary("api");
    }

}

para compilar la dll use mingw asi:

Código:

gcc -c -I"aqui el path de tu java\include" -I"aqui el path de tu java\include\win32" -o api.o Main.c

y despues....

Código:

gcc -shared -o api.dll api.o api.def

el archivo def tiene la funcion que vas a exportar asi:

Código:

EXPORTS
Java_Main_getShortPathName