La VM.
Tiene librerías.. pero más bien se le dice "paquetes". El hecho es que la VM se encarga de hacerlo Universal para casi todas las aplicaciones que se hagan.
¿A qué se debe esa lentitud en Windows?
Las aplicaciones en .Net no se. Nunca he probado una sola aplicación hecha en .Net para saber qué tanto influye el .Net Framework con la velocidad de la pc.