Bueno, os explico..

Tengo un server con unos dominios, hace unos dias , vi que habia un aumento de trafico a lo bestia, y encontre dos ficheros uno que era footerr.php y manual.php (las debieron subir con un ftp de algunos de mis clientes), en mi servidor, que se conectaban un monton de diferentes ip's, los borre, pero siguen dandole caña, y me hacen saltar el servidor, porque aunque no deje ejecutar esos dos ficheros , la conexión al apache también la hace.
Despues , pense la única manera es con el iptables, hice un script que automaticamente me bloque las ip's , pero son tanta cantidad de ip's que el iptables empieza a ir lento, i la cpu me aumenta mucho, y acaba bloqueandome el servidor, y tengo que hacer otra vez iptables -F, para que vaya todo bien..para que os deis una idea el guardo las ip's en un fichero de texto i tiene un tamaño ahora de unos 18Mb, de ips..
Ahora ejecuto un cron cada 3 horas que hace borra el iptables y cada 3 horas reinicio el apache..i con eso voy tirando...

Saludos