Ten cuidado con los espacios en blanco porque forman parte del nombre de la variable:

Con la instrucción:
SET cambiar = sqlserver://modovirtual:1433;databaseName=rewtyu

Tu defines una variable denominada 'cambiar  ' FÍJATE QUE TIENE UN BLANCO AL FINAL.

Y con la instrucción:
set cambiar=%cambiar:modovirtual=equipo% >> reorg.cfg
Te estás refiriendo a la varible 'cambiar', SIN ESPACIO EN BLANCO AL FINAL.

Son distintas.

Modifica la primera instrucción, no utilices espacios en blanco en los nombres de variable:
SET cambiar=sqlserver://modovirtual:1433;databaseName=rewtyu

  Buena suerte