Despues de hacer varias pruebas, he podido comprobar que esto ocurre con la ISO de Kali Linux 2018.3 y ejecutar despues apt-get update y apt-get upgrade. Vamos, algo normal...
Pero si esta misma version la instalamos y no actualizamos, funciona correctamente. se pueden crear carpetas e iconos en el escritorio, desde el boton secundario del raton. ya que el menu contextual lo permite. Pero si actualizamos, el menu contextual cambia y ya no permite estas opciones.
Por eso pienso que es desde la ultima actualizacon on-line, ya que la ISO viene correcta.
Y por supuesto descargada de la web oficial de Kali.

un saludo,

otra cosa, es que antes, con el boton derecho del raton, podia crear una carpeta y habia mas opciones en el boton secundario del raton, y ahora solo aparecen 3 opciones, que son "cambiar fondo", "configuracion de pantalla" y "configuracion"

a mi me pasa exactamente lo mismo, y es desde que he actualizado.
parece que con las ultimas actualizaciones despues de apt-get update y apt-get upgrade, algo queda desconfigurado.
antes podia ir a la herramienta "retoques" y ahi habia una opcion "escritorio" que ahora no esta
los iconos, carpetas y ficheros, estan, pero no se puede ver. como si por alguna extraña razon no se mostraran. pero estar, estan

y como digo, parece que es alguna opcion de la herramienta retoques que antes estaba y ahora no (escritorio)

por si puede ser de ayuda a alguien mas...
un saludo,