No hay un lenguaje en especifico (ojala lo hubiera), en realidad puedes hacerlo con cualquier lenguaje.

Para saber que lenguaje debes utilizar para hacer el malware primero debes pensar que funciones tendrá tu malware, una vez que sepas eso puedes buscar que lenguajes te sirven para programarlo.

No sé si eso sea posible, lo que sí es posible es cambiar el icono del archivo por el icono de carpeta.