Hola,
No le encuentro solucion a compartir el worspace sin que haya problemas.
Cuando cambio de windown a, en este caso Ubuntu, o viceversa, tengo que refrescar el proyecto y la mayoria de las veces los cambios realizados en el otro sistema se pierden.
Supongo (aunque no estoy seguro) que es un problema del tipo de ruta que guarda en su configuracion eclipse, en cada sistema, si no fuera por el C: del  windown podria solucionarlo con un enlace simbòlico y tampoco he encontrado la forma de que eclipse coja rutas relativas  
Alguien sabe si es posible compartirlo sin el riesgo de perder datos?