Esta fue la solucion al tema:
Decidi utilizar windows xp para utilizar dicho programa. el programa corria en ms-dos y en el XP funciona ms-dos, lo de las maquinas virtuales se hacia lento aunque pudiese probar todos los windows que quisiera al probar la version mas rapida fue la XP para un programa de win 3.1. fue un exito y la verdad que respondia al momento cosa que en las otras versiones no lo hacian. muchas gracias por vuestros comentarios y ayuda creo que ha pasado tanto tiempo que e leido los post y me hace gracia las tonterias que pregunte jaja! gracias señores x sus respuestas! tema cerrado

Hola buenas, tomo datos de algunas cosas que me interesaron de tu comentario como los windows 3.1 posibles dedicados al entorno empresa. la verdad que un amigo me comentó hoy que hay alguna version windows 3.1 de empresas y podría ser una posibilidad. Lo que la verdad me esta llamando la atención que funcione en windows 95 y  a pesar de que me vaya muy lento el programa me he dado cuenta que puede ser por la memoria que ocupa mi windows 7 hoy mismo instalo xp y comento como irá. Luego pensando sobre los datos dañados, pienso que si hay algo dañado era el S.O pero no el programa en si, porque tenia copias de seguridad. he cogido y vuelto a instalar windows 3.1 desde 0 y no e sobrescrito los archivos e ejecutado el programa y sigue igual osea descarto la posibilidad de que por lo menos el S.O que estoy utilizando sea el fallo, me falta probar lo de instalarme xp para probar si va mas rapido en win 95 si no sirviera probare a buscar la version de windows 3.1 para empresas. Gracias por el aporto saludos

Es más, la información que saqué del disco duro roto incluyendo unidad c: con sus carpetas de windows 3.1 las copie sobre el sistema operativo que instale en la maquina virtual y me arranca sin problemas... pero no encuentro solución.

Buenas crazykenny. Entiendo bien lo que me quieres decir sobre estos dos sitemas oeprativos. Ya puedo entender porque funciona en el win95 bien y luego me quedé pensando lo que dices lo de las varias versiones, en el caso mio, yo me he bajado una de internet una version cualquiera del windows 3.1, el caso es que el PC es de empresa y tenia funcionalidades de empresa y quizas el problema sea que no e instalado el windows 3.1 adecuado? por que por ejemplo que me vaya lento en windows 95 es porque pueda que utilize windows 7 y ocupa mucha memoria y si lo instalo en windows xp puede que me vaya mejor. pero bueno la pregunta es. deberia buscar o exixste versiones de windows 3.1 para funciones de empresa? Para meterle algun programa y ese sea su objetivo?. ok espero averme explicado bien. gracias

No me sale pantallaso ninguno, los S.O funcionan perfectamente el caso es al arrancar el programa que se abre y cierra una ventana ms-dos pero nada más. Esto en el 3.1 porque en win 95 si se abre pero el caso es lo que comente porque se me abre en windows 95 cuando es de windows 3.1? Y en windows 3.1 no abre y necesito saber porque. Alomejor influye la colocacion de archivos y sus rutas. Pero como podria averiguar que pasos sigue el programa desde su inicio y que rutas va cogiendo??Si necesitan mas informacion se las doy no creo que este tema lo sepa cualquier persona. Porfavor ayudaa de alguien  que entienda. Ah se me olvidaba decir que el programa este no lo puedo cambiar por otro ya que es el unico que tiene estas funciones y no hqy mas versiones.

Hola buenas que tal tod@s.
El caso es que tengo varias dudas sobre este tema y espero que puedan ayudarme de alguna forma posible y si este tema no va por aqui me cambian para que me puedan ayudaar.

El tema es que tengo un programa que supuestamente corre bajo windows 3.1. El disco duro de esta Pc se daño y recupere toda la información.( utilizo maquina virtual porque me funciona todo sin drivers y es mas seguro por ahora). Instale el programa en win 95 porque al principio no entendia bien en que SO corria y me funciona pero opciones principales pocas cosas pero se ve desde la portada del programa hasta menus. La cosa es que este programa me di cuenta que es bajo win 3.1 xDD!(dolor de cabeza) pues bueno me gustaria entender porque un programa de windows 3.1 no me funciona en windows 3.1 y en windows 95 se me abre desde su inicio y puedo elegir opciones.... yo copie toda la informacion que saque en el otro sistems operativo osea en el 3.1. Deberia funcionar todo igual no? No entiendo nada. Alguien me podria ayudar? Gracias de antemano