Repito: Si el HDD estuviera averiado, entonces no habría una sola situación en que anduviera bien. Pero es así, porque cada unos cuantos reinicios, vuelve a funcionar todo normalmente. El HDD no está averiado. Es algo que está escribiendo excesivamente obligando al sistema operativo a bajar muchísimo su rendimiento.
Tienes localizados los servicios o procesos q estan saturando la lectura de disco? si lo estas viendo en el task manager es facil de localizar. Hay servicios de Windows Search o Windows defender asociados a un SVHOST.EXE que durante el arranque disparan la lectura del disco.