Ya esta solucionado, si se ejecuta un bat desde VB mediante funcion Shell el .exe ha de estar en la misma carpeta que el bat como bien decia carolmuriel.

Gracias por la ayuda

El codigo del Bat creo esta bien porque al ejecutarlo desde el explorador de Windows funciona perfectamente, pero cuando lo hago con el codigo que os he puesto desde VB la consola se abre (me salta el aviso al Firewaal) pero el archivo de texto donde se tenia que haber almacenado el resultado del comando dir no es creado.

Ahora oy a probar lo que dice carolmuriel y os cuento si me va.

Hola a todos, soy nuevo en el foro asi que antes de nada me presento 

Bueno mi problema reside en que al intentar ejecutar un archivo .BAT desde VB mediante:

Private Sub Command1_Click()
Shell "C:\prueba.bat", vbHide
End Sub

El .BAT ejecuta un dir y lo guarda en un archivo de texto. El problema es que el archivo de texto no es creado, al ejecutarlo desde VB, con el codigo anterior pero si que se abre la consola ya que me salta el Firewall.

Sin embargo si ejecuto el BAT haciendo doble click con el raton el fichero de texto si que es creado correctamente.

A ver si alguien puede echarme una mano.